Alors que l'urgence de Covid prend fin, la surveillance passe aux égouts

Publicité

Supporté par

Avec la fin des autres efforts de suivi des virus, les données sur les eaux usées devraient devenir de plus en plus importantes dans les mois à venir, selon les scientifiques.

Envoyez une histoire à n'importe quel ami

En tant qu'abonné, vous avez 10 articles cadeaux à donner chaque mois. Tout le monde peut lire ce que vous partagez.

Par Émilie Anthès

Lorsque l'urgence de santé publique Covid-19 expirera aux États-Unis jeudi, le coronavirus ne disparaîtra pas. Mais de nombreux flux de données qui ont aidé les Américains à surveiller le virus deviendront sombres.

Les Centers for Disease Control and Prevention cesseront de compiler les niveaux communautaires de Covid-19 et n'auront plus besoin de certaines informations sur les cas des hôpitaux ou des données de test des laboratoires. Et comme les tests gratuits sont réduits, le nombre officiel de cas, qui est devenu moins fiable à mesure que les Américains se sont tournés vers les tests à domicile, peut s'éloigner encore plus de la réalité.

Mais les experts qui veulent garder un œil sur le virus auront toujours une option précieuse : les eaux usées.

Les personnes infectées par le coronavirus éliminent l'agent pathogène dans leurs selles, qu'elles passent ou non un test Covid ou consultent un médecin, permettant aux responsables de suivre les niveaux de virus dans les communautés au fil du temps et de surveiller l'émergence de nouvelles variantes.

Cette approche s'est rapidement développée pendant la pandémie. Le système national de surveillance des eaux usées, que le CDC a créé fin 2020, comprend désormais des données provenant de plus de 1 400 sites d'échantillonnage, répartis dans 50 États, trois territoires et 12 communautés tribales, a déclaré Amy Kirby, responsable du programme. Les données couvrent environ 138 millions de personnes, soit plus de 40% de la population américaine, a-t-elle déclaré.

Et alors que d'autres efforts de suivi s'achèvent, certaines communautés se précipitent pour mettre en place des programmes de surveillance des eaux usées pour la première fois, a noté le Dr Kirby. "Cela suscite en fait plus d'intérêt pour les eaux usées", a-t-elle déclaré.

Dans les mois à venir, la surveillance des eaux usées deviendra encore plus importante, selon les scientifiques, et elle devrait aider les autorités à repérer certaines épidémies naissantes.

Mais la surveillance des eaux usées manque encore à de nombreuses communautés, et davantage de travail est nécessaire pour transformer ce qui a commencé comme un effort d'urgence ad hoc en un système national durable, ont déclaré des experts. Et les responsables devront réfléchir à la manière dont ils utilisent les données, car la pandémie continue d'évoluer.

"Les eaux usées doivent s'améliorer", a déclaré David O'Connor, virologue à l'Université du Wisconsin-Madison. "Et nous devons être un peu plus avisés pour interpréter ce que nous disent les données sur les eaux usées."

Au cours des trois dernières années, la surveillance des eaux usées a maintes fois fait ses preuves. Lorsque les tests étaient largement disponibles, les tendances des eaux usées reflétaient le nombre officiel de cas de Covid-19. Lorsque les tests étaient rares, les pics des niveaux viraux dans les eaux usées ont fourni des avertissements précoces des surtensions à venir, permettant aux responsables de redistribuer les ressources de santé publique et les hôpitaux pour se préparer à un afflux de cas.

L'échantillonnage des eaux usées a aidé les scientifiques à déterminer quand de nouvelles variantes sont arrivées dans des communautés particulières et a aidé les cliniciens à prendre des décisions plus éclairées sur le moment d'utiliser certains traitements, qui peuvent ne pas fonctionner contre toutes les versions du virus.

"Pour le SRAS-CoV-2, notre système de surveillance des eaux usées est assez solide maintenant", Marisa Eisenberg, épidémiologiste des maladies infectieuses à l'Université du Michigan, a déclaré. "Nous l'avons en quelque sorte mis à l'épreuve."

Houston, par exemple, dispose désormais d'une vaste infrastructure de surveillance des eaux usées, collectant des échantillons chaque semaine dans les 39 usines de traitement des eaux usées de la ville ainsi que dans des écoles, des abris, des maisons de retraite et des prisons. La ville n'a pas l'intention de réduire ses dépenses, a déclaré Loren Hopkins, responsable des sciences de l'environnement pour le département de la santé de Houston et statisticienne à l'Université Rice.

"Nous ne savons vraiment pas ce que Covid fera", a-t-elle déclaré. "Nous continuerons à nous tourner vers les eaux usées pour nous dire quelle quantité de virus est là-bas."

Le CDC suivra toujours les décès et les hospitalisations, mais ceux-ci ont tendance à être des indicateurs retardés. Ainsi, les eaux usées resteront probablement un système d'alerte précoce essentiel pour les fonctionnaires et les membres du public.

"Cela peut aider les personnes immunodéprimées, qui pourraient vouloir être très prudentes", a déclaré Alexandria Boehm, ingénieure en environnement à l'Université de Stanford et chercheuse principale pour WastewaterSCAN, une initiative de surveillance des eaux usées. "Cela peut nous aider à décider si nous voulons nous masquer ou assister à un concert vraiment bondé."

À mesure que les tests cliniques diminuent, la surveillance des eaux usées sera également une stratégie clé pour garder un œil sur les nouvelles variantes et pour évaluer la menace qu'elles représentent, ont déclaré les scientifiques. Les variantes qui envahissent rapidement un égout ou dont la propagation est suivie d'une augmentation des taux d'hospitalisation locaux, par exemple, pourraient justifier une surveillance accrue.

Pourtant, les données ne seront pas disponibles partout. Étant donné que le système de surveillance des eaux usées existant a émergé de manière quelque peu aléatoire, avec l'adhésion des juridictions intéressées, la couverture du pays est inégale. Les sites d'échantillonnage des eaux usées ont tendance à être rares - ou absents - dans de nombreuses zones rurales et parties du sud et de l'ouest.

Et la collecte de données sur les eaux usées n'est que la première étape. Comprendre cela peut être plus délicat, ont averti les scientifiques.

Parmi les défis qu'ils ont cités : maintenant que de nombreux Américains ont développé une certaine immunité contre le virus, les pics d'eaux usées pourraient ne pas nécessairement conduire à la même vague d'hospitalisations que certaines installations attendent. Et les scientifiques ne savent toujours pas si toutes les variantes seront également détectables dans les eaux usées.

De plus, le simple fait de repérer une nouvelle variante dans les eaux usées ne laisse pas nécessairement présager un problème. Par exemple, depuis 2021, Marc Johnson, virologue à l'Université du Missouri, et ses collègues ont trouvé des dizaines de variantes inhabituelles dans des échantillons d'eaux usées à travers les États-Unis.

Certaines de ces variantes sont radicalement différentes d'Omicron et pourraient théoriquement poser un nouveau risque de santé publique. Mais jusqu'à présent, du moins, ces variantes ne semblent pas se répandre. Ils proviennent probablement de patients individuels qui se débarrassent d'infections à coronavirus à long terme, a déclaré le Dr Johnson.

"Les eaux usées sont vraiment bonnes car elles peuvent vous donner une vue complète de ce qui se passe", a déclaré le Dr Johnson. Mais il y a des moments, dit-il, "où cela peut vous induire en erreur".

Et bien qu'une réduction du suivi des cas de Covid soit probablement inévitable, la surveillance des eaux usées est plus informative lorsqu'elle est combinée à d'autres sources de données de santé publique, ont déclaré des scientifiques. "J'aime le considérer davantage comme un flux de données complémentaire", a déclaré le Dr Eisenberg.

La surveillance des eaux usées continuera d'évoluer, a déclaré le Dr Kirby. Le CDC discute avec certains États de la manière d'optimiser leur réseau de sites d'échantillonnage, un processus qui pourrait impliquer à la fois l'ajout de nouveaux sites et la réduction dans les zones où plusieurs sites d'échantillonnage fournissent des données essentiellement redondantes.

"Nous nous attendons à une certaine réduction du nombre de sites dans certains de ces États", a déclaré le Dr Kirby. "Mais nous travaillerons avec eux pour être stratégiques à ce sujet, afin de ne pas perdre d'informations."

Les responsables explorent également d'autres possibilités. Dans le cadre du programme de surveillance génomique des voyageurs du CDC, par exemple, Ginkgo Bioworks, une société de biotechnologie basée à Boston, teste actuellement des échantillons d'eaux usées provenant d'avions atterrissant au terminal international de l'aéroport international de San Francisco.

"Mettre en place ces mécanismes indirects qui peuvent vous donner une idée de ce qui se passe dans le monde est vraiment important, alors que d'autres formes de tests commencent à décliner", a déclaré Andrew Franklin, directeur du développement commercial chez Concentric by Ginkgo, la branche biosécurité et santé publique de l'entreprise.

Le plan de sauvetage américain a fourni suffisamment de fonds pour mener une surveillance des eaux usées dans tous les États et territoires jusqu'en 2025, a déclaré le Dr Kirby.

Mais le maintien de la surveillance des eaux usées nécessitera un financement continu à plus long terme, ainsi qu'une adhésion continue des autorités locales, dont certaines pourraient perdre tout intérêt à mesure que la phase d'urgence de la pandémie tire à sa fin. "Nous allons voir des abandons basés sur la fatigue", a déclaré Guy Palmer, pathologiste des maladies infectieuses à l'Université de l'État de Washington et président du comité de surveillance des eaux usées des Académies nationales des sciences, de l'ingénierie et de la médecine.

Les partisans de la surveillance des eaux usées espèrent donc démontrer son utilité continue, à la fois pour le Covid-19 et d'autres maladies. Certaines juridictions utilisent déjà les eaux usées pour suivre la grippe et d'autres agents pathogènes, et le CDC espère déployer des protocoles de test élargis d'ici la fin de l'année, a déclaré le Dr Kirby.

"Cela fait partie de notre portefeuille de surveillance à long terme", a déclaré le Dr Kirby. "Je pense que nous allons vraiment voir à quel point cela peut être puissant une fois que nous serons sortis de cette période d'intervention d'urgence."

Emily Anthes est journaliste au Times, où elle se concentre sur la science et la santé et couvre des sujets tels que la pandémie de coronavirus, les vaccinations, les tests de virus et Covid chez les enfants.

Publicité